Il sangue del cordone ombelicale come fonte di cellule staminali presenta diversi vantaggi rispetto alle cellule del midollo osseo nei trapianti. E' facilmente disponibile e non causa alcun danno fisico o inconvenienti al donatore. Inoltre il tempo compreso tra ricerca e trapianto è più breve rispetto al trapianto del midollo osseo con donatore non compatibile. L'incidenza di malattia "graft-versus-host" è inferiore nei trapiantati con sangue del cordone ombelicale.
I trapianti di sangue del cordone ombelicale trovano indicazione nei tumori ematologici, nei tumori solidi, nelle malattie ematologiche, nelle sindromi di immunodeficienza, e malattie metaboliche.
Uno dei limiti dell'applicazione del sangue del cordone ombelicale è il ridotto numero di cellule staminali ematopoietiche contenute. Sono in corso tentativi per amplificare in vitro il numero delle cellule staminali, raccolte dal sangue del cordone ombelicale. I linfociti contenuti nel sangue del cordone ombelicale sono "naive", dotati di scarsa reattività immunologica. Infatti la bassa incidenza della malattia "graft-versus-host" nei soggetti che ricevono sangue del cordone ombelicale è proprio dovuta a questa caratteristica.